João Wainer nasceu em São Paulo, em 1976, e iniciou sua carreira fotográfica aos 16 anos, como estagiário do Jornal da Tarde. Trabalhou dois anos como assistente do fotógrafo Bob Wolfenson antes de ingressar na equipe de fotógrafos do jornal Folha de S. Paulo, em 1996.

Durante 20 anos esteve ligado à Folha, ocupando cargos de repórter fotográfico, Editor de Fotografia, Editor de Imagem e repórter especial. Em 2010, assumiu a direção da TV Folha, departamento de vídeo do jornal, que revolucionou a linguagem de jornalismo em vídeo para internet. Participou da criação do programa de mesmo nome na TV Cultura.

Wainer dirigiu os documentários JUNHO – O mês que abalou o Brasil e PIXO, sobre o fenômeno da pichação em São Paulo, em parceria com a Fundação Cartier de Paris. Também dirigiu videoclipes para artistas como Ana Cañas, Dexter, Emicida, Mano Brown,  MV Bill e Rappin Hood, entre outros.

Cobriu os protestos de junho de 2013 e com esse trabalho venceu o Prêmio Esso na categoria Telejornalismo no mesmo ano.

Como fotógrafo, possui uma carreira independente, colaborando com diversas publicações como Bravo!, Marie Claire, Rolling Stone e Trip, e em capas de livros, CDs e DVDs para artistas como Chico Buarque, Gilberto Gil e Rita Lee.

Entre suas participações em mostras coletivas pode-se destacar: Marginália, 2006, Reencontre d’Arles, e PHOTOQUAI: Biennale des Images du Monde, 2007, no Museu Quai Branly, em Paris, ambos na França. Em 2009, fez parte de Né Dans La Rue: Grafitti, na Fundação Cartier, Paris, França; e de Habite-se, na Galeria Olido, em São Paulo.